Bauru tem duas bacias hidrográficas: bacia do Tietê-Batalha e Bacia do Tietê-Jacaré. Na primeira está o Rio Batalha, onde Bauru capta água para 35% da população, e na segunda está o Rio Bauru, onde é lançada a maior parte do esgoto da cidade. Às suas margens está sendo construída a Estação de Tratamento de Esgoto (ETE) – Vargem Limpa, que juntamente com as outras duas estações de esgoto, tratará 100% do esgoto da cidade.

Bauru também capta água do manancial subterrâneo, aquífero Guarani, que atende 65% da população da cidade. A legislação para a classificação das águas subterrâneas é a Resolução 396/2008 do CONAMA.

O DAE monitora periodicamente a qualidade das águas destes mananciais. Conforme Resolução CONAMA 357/2005 , o Rio Batalha é Classe 2 e o Rio Bauru é Classe 4. O Rio Batalha pela sua importância de manancial que abastece a cidade é regido por Lei que define as áreas de proteção ambiental (APA) deste manancial, 10.773/2001.

São determinados 33 parâmetros físicos, químicos e microbiológicos de qualidade da água em análise no Laboratório de Águas Residuárias em parceria com a UNESP de Bauru. Desses 33 parâmetros, nove compõem o Índice da Qualidade das Águas (IQA). São eles:

• Oxigênio dissolvido (OD)
• Demanda bioquímica de oxigênio (DBO)
• Coliformes fecais
• Temperatura da água
• pH da água
• Nitrogênio total
• Fósforo total
• Sólidos totais
• Turbidez

Na sua interpretação devem ser levados em consideração fatores importantes:

• A qualidade das águas muda ao longo do ano, em função de fatores meteorológicos e da eventual sazonalidade de lançamentos poluidores e das vazões.
• À medida que o rio avança, a qualidade melhora por duas causas: a capacidade de autodepuração dos próprios rios e a diluição dos contaminantes pelo recebimento de melhor qualidade de seus afluentes. Esta recuperação, entretanto, atinge apenas os níveis de qualidade aceitável ou boa. É muito difícil a recuperação ser total.