Bauru lança 95 % do esgoto sanitário “in natura” no Rio Bauru e seus 10 afluentes, que são: Córrego Água da Ressaca, Córrego Água da Forquilha, Córrego Água do Sobrado, Córrego da Grama, Córrego Água do Castelo, Córrego das Flores, Córrego Barreirinho, Córrego da Água Comprida, Córrego Vargem Limpa e Ribeirão da Vargem Limpa. Atualmente, são lançados aproximadamente 800 L/s no Rio Bauru, sendo 85% despejo residencial e 15% despejo industrial.
O Rio Bauru, conforme os Decretos Estaduais nº 8.468/76 e 10.755/77 , é enquadrado como Classe 4 em todo o seu curso na área urbana e Classe 3 da região da Vila Aimorés até Pederneiras, onde desemboca no Rio Tietê.
Classe 3 - Oxigênio Dissolvido (OD) acima de 4 mg/L
Classe 4 - Oxigênio Dissolvido (OD) acima de 0,5 mg/L
Considerando a relevância da questão ambiental e sanitária, pelo fato de lançar em média 800 L/s de esgoto nos corpos d'água que formam a Bacia do Rio Bauru, cujo leito corta toda a área urbana da cidade, a Administração Municipal vem buscando soluções para tratar os esgotos sanitários e assim preservar o meio ambiente e a saúde da população. Assim, foi desenvolvido o projeto do Sistema de Tratamento de Esgotos Sanitários, que tem como objetivo a coleta, afastamento, tratamento e disposição final do esgoto sanitário gerado pela população nas bacias hidrográficas do Rio Bauru e do Rio Batalha.
Consciente da importância e necessidade urgente de reverter o problema da poluição e da falta de saneamento, a Prefeitura Municipal vem implantando interceptores nas margens dos afluentes. Em alguns lugares já se pode observar as mudanças da flora e da fauna dos corpos d'água.
O Sistema de Tratamento de Esgotos Sanitários projetado tem como concepção a despoluição total das 10 microbacias formadoras da bacia do Rio Bauru, a despoluição do próprio Rio Bauru, a melhora de suas características após o tratamento, e a despoluição do Rio Batalha através da reversão do esgoto para a bacia do Rio Bauru.
As obras serão realizadas em quatro etapas. A primeira, em fase de conclusão, prevê a coleta e o afastamento dos esgotos e a despoluição dos corpos d'água. Essa parte consiste na implantação de 54 km de coletores tronco, interceptores e emissários ao longo das margens dos 11 corpos d'água que existem na área urbana do município. A segunda etapa, já concluída, é a construção da Estação de Tratamento de Esgotos - ETE Candeia, localizada próximo ao bairro Gasparini, atendendo uma população de cerca de 30.000 habitantes. A terceira, ainda em andamento e com previsão para conclusão em 2021, é a construção da Estação de Tratamento de Esgotos -ETE Vargem Limpa. Em seu projeto original, a estação foi planejada para tratar 1.420 litros de esgoto por segundo, atendendo a uma população de 497.596 habitantes. Na primeira fase da implantação da ETE, será realizada a construção de 3 módulos, tratando assim os despejos de 375.000 habitantes, e depois, com a construção de mais um módulo, poderá atender cerca de 500.000 habitantes.
O tratamento preliminar da ETE Vargem Limpa será de gradeamento grosseiro, seguido de gradeamento fino e caixa de areia. O tratamento primário será realizado através de forma anaeróbia, com a construção de reatores denominados UASB (reator anaeróbio de fluxo ascendente), seguidos de filtros biológicos aerados submersos preenchidos com material plástico. Nesta etapa, serão implantados os controladores de odores e queimadores de biogás. O tratamento secundário consistirá na separação do lodo formado no processo biológico através de decantadores secundários. O lodo gerado, depois de desidratado através do processo de centrifugação, seguirá para aterro sanitário licenciado pela CETESB. O efluente final, após o tratamento, terá uma redução de DBO em torno de 94% e será lançado no Rio Bauru.
A ETE Vargem Limpa está localizada atrás do Distrito Industrial I, com coordenadas UTM(N) 7.532,394 km e UTM(E) 704,354 km e teve o projeto aprovado pela Secretaria do Meio Ambiente do Estado de São Paulo, recebendo a Licença Ambiental Prévia nº 00471, emitida em 18/02/2002 e renovada em 29/11/2004. A CETESB emitiu a Licença de Instalação nº 7002106 em 08/03/2006.