Os resíduos domésticos, que são matéria orgânica, ao contaminarem as águas, podem transformar-se em componentes prejudiciais à saúde e conter organismos transmissores das denominadas enfermidades de origem hídrica, que causam diarreia, tifo e cólera, entre outras.

Os aquíferos freáticos estão muito mais ameaçados em lugares onde não há rede de esgoto e estas águas são lançadas em fossas ou latrinas de diversos tipos. Quando existe rede de esgoto, a preocupação é onde lançar os resíduos coletados e se há algum tipo de tratamento. Os aquíferos também podem ser poluídos a partir de lagoas de estabilização, rios, receptores de resíduos e irrigação com águas servidas. Do mesmo modo, os aterros sanitários e principalmente os ?lixões? podem ser fontes de poluições de origem doméstica (SILVA, R.B.G, 2003).

Muitas indústrias podem contribuir para poluição das águas subterrâneas com lançamento de metais pesados e compostos químicos orgânicos, entre outros, que mesmo em quantidades pequenas, podem ser altamente tóxicos, causadores de câncer e de mutações genéticas (SILVA, R.B.G, 2003).

Neste caso, as lagoas, poços de infiltração ou rios são também o destino final preferido para os despejos industriais, que muitas vezes são lançados sem nenhum tipo de tratamento prévio, o qual poderia diminuir seus efeitos nocivos.

As práticas agrícolas atuais apresentam-se como potencialmente poluidoras devido às formas mecanizadas de manejo do solo e à aplicação intensiva e prolongada, em extensas áreas, de fertilizantes inorgânicos, assim como ao uso de agrotóxicos. Soma-se a isto a irrigação excessiva do solo, que contribui com o arraste e infiltração de nutrientes (especialmente nitratos), sais e traços de compostos orgânicos.

As atividades de extração mineral, explotação de petróleo e o destino final do lixo atômico são outros exemplos de fontes de poluição das águas subterrâneas.

Além destas fontes, os próprios poços podem constituir focos potenciais de contaminações, se no momento de sua construção, operação e/ou manutenção, não forem tomadas as devidas precauções. Isto é preocupante principalmente nas grandes cidades como, por exemplo, Lima, São Paulo ou cidade do México, onde o número de poços em operação varia entre 1.500 e 7.000.